02L++로 쓴 반응식
미하엘리스-멘텐을 두 번 씁니다. 먼저 두 단계의 기본 반응으로, 다음은 그것을 대신하는 하나의 추상으로.
// E + S <-> ES -> E + P
reaction R_bind(E + S -> ES, k = 30, kr = 1)
reaction R_cat(ES -> E + P, k = 10)
E = 1.0, S = 5.0
// the same kinetics, said once
protein enz(sub -> prod, k = 10, km = 0.3666667)
enz = 1.0, sub = 5.003언어가 하는 일
생물학이 들어가고, 메커니즘이 나옵니다
01
생물학이 말하는 방식 그대로
반응, 단백질, 농도가 언어의 기본 요소입니다. 결합 단계는 한 줄이고, 그 줄이 곧 모델링하는 단계로 읽힙니다.
02
메커니즘을 대신하는 추상
기본 단계가 중요할 때는 그대로 쓰고, 그렇지 않을 때는 그것을 요약한 추상을 씁니다. 같은 모델을, 질문에 필요한 해상도로.
03
모듈로 나누고 다시 씁니다
모델은 부품으로 조립되고, 그 부품은 다음 모델로 그대로 옮겨집니다. 실험마다 다시 쓰지 않습니다.
04
설정 가능한 시뮬레이션
모델이 도는 환경은 직접 정하고, 결과는 요청한 해상도로 돌아옵니다.
04누구를 위한 것인가
네 개의 현장, 하나의 언어
01
교실
그리기 어려운 개념도 실행하기는 쉽습니다. 학생이 속도상수 하나를 바꾸고 결과를 눈으로 확인합니다.
02
연구
실험대에 오르기 전에 가설을 시험합니다. 교란을 주고, 다시 돌리고, 모델을 새로 짜지 않은 채 비교합니다.
03
임상
환자의 시스템을 모델로 기술하고 반응을 시뮬레이션합니다. 임상의가 되짚어 읽을 수 있는 형태로.
04
산업
바이오텍 시스템을 도식이 아니라 실행 가능한 기술(記述)로 설계하고 미리 돌려봅니다.